船只有因风漂流到北岸的，魏军就杀了船上的军人，这大大激怒了刘裕，他令壮士丁旿带领七百人渡河，在岸边摆好却月阵，然后张设大弩，魏军包围他们，大弩用不上了，他们又改用大锤锤击短矟，一矟能贯穿三四个人——矟是一种长杆的矛,截断长杆就成短矟。魏军不能抵挡，崩溃，晋军乘势追击，杀死、俘虏了上千人，临阵斩了魏的冀州刺史阿薄干。

晋各路军虽有阻碍，但总势节节向前。

四月，刘裕到达洛阳。七月，进入陕县（在今河南三门峡）。

八月，刘裕进入潼关。此时王镇恶率领水军从黄河进入渭水，直趋后后秦都城长安，后秦军奋力抵抗，王镇恶身先士卒，在长安东北的渭桥大破秦军，前来援救的秦主姚泓单马逃回宫中。王镇恶攻破北门，姚泓见大势已去，不得不带着他的妻子儿女和群臣到王镇恶的军营门前投降。

九月，刘裕进入长安，他对前来迎接的王镇恶说：“成就我霸王大业的，是卿啊！”

刘裕把收缴来的后秦的彝器、浑仪、记里鼓、指南车等送往建康，其余金玉珍宝都奖赏给了将士，而对前来投降的后秦贵族，刘裕把他们都杀了——他的这一做法往往为世人诟病。原先逃亡后秦的司马休之和鲁轨等尽皆逃亡北魏。随后，刘裕又把姚泓送往建康，斩之于闹市。

至此，后秦历三帝三十四年而亡。

在前后八年的时间里，刘裕灭了北方十六国中的两个国家，这在建都江南的政权里，还没有人能做到。

刘裕原准备继续经略赵、魏，即平定中原，这时留守京都的刘穆之病亡，刘裕觉得根本无所托，或许会出现意外，于是决定尽快东回，留下十二岁的次子桂阳公刘义真镇守长安，任命他为安西将军、雍州刺史，同时留下心腹将领辅佐他：太尉咨议参军王修任长史，王镇恶任司马兼冯翊太守，沈田子、毛德祖任中兵参军。

三秦（秦王朝灭亡，项羽把秦故地关中三分）父老听说刘裕要东归，失望之余流泪挽留：“残民不沾王化，至今百年；见王师奏捷，人人相贺。长安十陵是公家坟墓，咸阳宫殿是公家室宅。为何弃此东归？”刘裕闻言叹息，但不得不离开长安。

——历史往往是相似的。六十年前，桓温率领晋军在关中打败前秦取得巨大胜利，三秦父老感动流泪：“想不到我们还能在活着的时候看到官军回来！”但随即桓温撤退，最终败归。这一次的不同只是刘裕并非败归，并且还留下了一支强劲的部队镇守。

义熙十四年（公元418年）正月，晋军的内乱开始了：沈田子因与王镇恶有私怨，假称受太尉令，杀了王镇恶；义真得知后，就带着人和王修一道去杀了沈田子。

六月，太尉刘裕才受相国、宋公、九锡之命；宋国依照朝廷的制度设立百官：左长史王弘为仆射，负责选举官员，从事中郎傅亮、蔡廓同为侍中，谢晦为右卫将军，行参军殷景仁为秘书郎。

十月，有将领在义真面前诋毁王修：“王镇恶想谋反，沈田子就杀了他；王修杀了田子，也是想谋反！”这个少年只有十二岁——十二岁还是虚龄，古人以虚数记龄，除夕出生，过了几个时辰到了大年初一就是两岁了。一个十二岁的娃娃率军驻扎在这里，他原只起一个符号的作用，或者说是一个象征，他哪里有什么分辨的能力！这个少年信以为真，就让人杀了王修。

一时关中大乱。刘裕得知后急忙派辅国将军蒯恩去长安召义真东归，让朱龄石去代替义真为雍州刺史：“若关中不可守，就和义真一同回。”

十一月，朱龄石到达长安。晋军听说要东归，就大肆掠夺财宝、女人，装了一车又一车。

建都统万（在今陕西靖边县境内）的夏主赫连勃勃得知这一消息后想占有晋军灭后秦的果实，派三万骑兵急追晋兵，在青泥（在今陕西蓝田）大战，晋兵大败，义真与将佐散失，独自逃入草丛中，幸亏中兵参军段宏单马追寻，把他系在背上骑马逃回。辅国将军蒯恩和司马毛修之等被夏兵俘虏，朱龄石、朱石兄弟同被赫连勃勃杀死。

——桓温最后一次北伐的对象是前燕，后来晋军屡遭挫败，桓温被迫烧掉船只，丢弃辎重，从6路撤退；慕容垂就率大军紧紧跟随，跟了几天几夜，见晋军尽显疲态，就纵兵四击，晋军大败，被斩三万级。可见败逃的路往往是多么艰难，也是多么相似。

刘裕听说青泥大败，还不知道义真死活，准备再度北伐，后来谢晦和郑鲜之极力劝阻，而段宏也带着义真归来，他才没有成行。