刘裕原本准备在灭南燕之后继续推进河、洛，收复中原，不料灭南燕的捷报还在南去的路上，朝廷的诏令就急急北上征刘裕回京：卢循、徐道覆正乘京都空虚，一路杀将过来。.

早在刘裕征讨桓玄的时候，缓过一口气的卢循再次聚众寇扰广州并俘获广州刺史吴隐之，他的谋士徐道覆进攻始兴（在今广东韶关）并俘获始兴相阮腆之。那时安帝刚返回京都不久，朝廷因无暇顾及，不得已就任命卢循为广州刺史，徐道覆为始兴相（此郡若是诸侯王的封邑，朝廷任命的最高长官就是“相”，职位同于太守）。后来听说刘裕北伐，徐道覆就力劝卢循乘虚袭击建康；卢循采纳后，二人兵分两路：卢循从始兴进攻长沙，徐道覆进攻南康（治所在今江西赣州）、庐陵（治所在今江西吉水东北）、豫章（治所在今江西南昌）。诸郡太守或相都纷纷逃命，徐道覆率大军得以顺流而下，直逼建康，京都惶恐，于是朝廷急召刘裕回京。

三月二十日，镇南将军、江州刺史何无忌与徐道覆战于豫章，大败，何无忌阵亡，于是京都更加惶恐，有人建议奉皇帝北逃以就刘裕；后来见徐道覆等一时还没有到达，此议才止。

与收复中原相比，目前保住大本营才是最重要的。

刘裕匆匆回撤。到达山阳（在今江苏淮安），刘裕听说何无忌战死，担忧京都失守，就带着十几个人日夜兼行。到了长江边上，他们问朝廷消息，行人也不知道眼前的就是刘裕，就说：“贼还未到，刘公若能回来就无所忧了！”

刘裕大喜，单船过江，先到京口，人心略安；四月初二到达建康，朝廷和百姓这才觉得有了依靠——可见这时刘裕在人们心中的地位了。

得知何无忌战败，而刘裕又在北方立了大功，卫将军、豫州刺史刘毅也想为自己的未来挣得一些筹码，于是准备讨伐卢循。刘裕认为贼势正盛，应待己战船建成一同前去征讨，但刘毅不听劝阻，独自率领二万水兵将士从姑孰出。此时卢循打败了到长沙迎战的荆州刺史刘道规的军队，正准备进攻荆州刺史治所江陵，徐道覆听说刘毅西上，急忙驰报卢循应与己合力迎战刘毅：“若胜刘毅，江陵不足忧！”于是卢循与徐道覆并力东向，五月初七在桑落洲（在今安徽宿松西南长江中）大败刘毅：刘毅只带着数百人弃船步行仓皇逃归，其余将士都被俘虏。

其时北师虽还，但伤病满营，京都将士不过数千，刘毅的败况让京都再次陷入恐惧之中。青州刺史诸葛长民和尚书左仆射孟昶再次建议拥帝过江，刘裕认为若如此势必崩溃，不听，孟昶恼怒自己的建议不被采纳，且认为是自己当初极力赞成刘裕北伐才导致卢循内逼，于是引咎自杀：一时间京都人心惶惶。

刘裕却成竹在胸。

他下令民众修建石头城，后来又听从部将建议砍伐树木，栅断石头城下的秦淮河入江口，又修治越城，筑查浦、药园、廷尉三营垒，命令将帅坚守勿动，不得贸然出战，违者斩。卢循、徐道覆逼近石头城之后，屡屡挑战，各守卫处或坚守不动，或在刘裕、刘毅、诸葛长民、朱龄石等的率领下，奋力抵抗，卢循、徐道覆奈何不得，终究无功。

朝廷任命刘裕为太尉、中书监，为刘裕加黄钺。刘裕只接受了黄钺。黄钺，是一种饰以黄金的长柄斧子，一般用以天子仪仗，也授给有殊勋的重臣出兵征讨。

到了七月，卢循、徐道覆被迫南逃，准备先撤退到寻阳，然后攻取荆州；刘裕令王仲德、刘钟、孟怀玉等武将追赶。

刘裕回到东府，大力制造战船。卫将军、豫州刺史刘毅请求追逃卢循，刘裕的长史王诞私下建议刘裕不要让他的政敌在败军之后再立功以成就名望，刘裕就接受了这一建议，没有答应刘毅的请求。

到了十月，刘裕亲自率领兖州刺史刘藩等将领南击卢循，只让刘毅留守建康。

十二月，刘裕的大军在大雷（在今安徽望江，时为江防要地）与卢循、徐道覆激战，官军乘风火攻，卢循军大败，逃回寻阳，准备前往豫章，就尽力栅断彭蠡湖（今鄱阳湖）口。刘裕追赶到这里，即将交战，突然他的帅旗竿子折断，旗子沉入水中，众人以为是不祥之兆，都很惊惧，刘裕笑着说：“数年前讨伐桓玄的覆舟山一战，旗竿也折断了；今日又如此，看来必定破贼！”于是率军尽力攻栅，大胜，卢循单船南逃，其部众被杀或投水而死者达万余人。

卢循自建康撤退的时候，刘裕就分派建威将军孙处、振武将军沈田子率三千人从海道袭击卢循的根据地番禺（在今广州市南），众人认为海道难行，且分散现有兵力，并非当前要务；刘裕却认为大军十二月必破卢循，若能攻破番禺将使卢循南归无所。

义熙七年（公元411年）二月，官军追赶卢循，在始兴斩了徐道覆。卢循逃归番禺，见老巢已陷落，就带领残余围攻官军守将孙处二十余日，官军依赖沈田子急救，卢循败逃交州（治所在今越南境内）后投水而死，卢循、徐道覆势力被彻底平定。

朝廷再次任命刘裕为太尉、中书监，刘裕这才受命，因为他