头看看,从这些数据中去寻找可能的线索。
又是一周时间,这一次,陈辉以更加细致的方式去审视这些数据,比之前耗费了更多的时间,但想要的灵感依旧没有到来。
做科研就是这样,即便你花费了大量的时间精力,费尽了心血,也不一定能出成果,说不定偶尔一个突然的想法,反而能有大发现。
凌晨两点,陈辉在会议室中缓缓移动鼠标,锐利的目光在纷繁的数据中不断流转。
时间一点一点流逝。
很快已经是两点五十。
陈辉收回目光,他准备睡觉了。
从初中开始,他的睡眠都十分规律,如果没有什么紧急的事情,他都是凌晨三点睡觉,早上六点起床。
正是规律的睡眠,让他拥有一副好身体,让他能够保持旺盛的精力进行学习研究。
忽然,陈辉双眼微眯。
他在实验记录中注意到了一个被所有人忽略的细节,那批质谱数据是不同时间点0h,1h,6h,24h的采样!
而之前的分析,都下意识地把它们合并处理了,试图找一个静态网络。
但显然,信号通路的激活是一个动态过程!
就像看一场传球比赛,你必须看视频回放,而不是看一张合影,才能知道是谁传给了谁。
灵光乍现,随后便是无数灵光涌现。
就像是敲开了那层遮蔽泉水的纸片,随后便是地涌金泉!
陈辉立刻转向了动态贝叶斯网络和时间序列分析,他将不同时间点的数据按照其内在时间关系串联起来。
他构建模型,追踪每一个信号蛋白的磷酸化水平随时间变化的轨迹。
通过分析这些轨迹之间的时间先后顺序和协变关系,因果关系的推断变得前所未有的清晰,是A蛋白的激活 consistently发生在B蛋白之前,那么A是B因的可能性就极大提高了。
迷雾瞬间散开!
动态模型清晰地显示,特定的EGFR突变体首先快速招募并激活了一个适配器蛋白,然后这个适配器蛋白在某个特定时间点意外地激活了PKCδ,PKCδ进而绕过经典的RAS蛋白,直接磷酸化并激活了下游的RAF同工酶,从而抄近路驱动了整个促增殖通路。
陈辉很快找到了一条经过动态时间序列数据验证的、高置信度的非经典通路模型,突变EGFR->Gab1->PKCδ->CRAF->MEK->ERK。
他还利用这个模型预测了几个关键节点,如果抑制PKCδ,就应该能特异性地阻断这条非经典通路,逆转耐药性,他甚至还预测了抑制后下游各蛋白磷酸化水平下降的先后顺序和大致幅度。
……
早上八点,唐剑准时来到实验室,提着新鲜的豆浆油条往小会议室走去。
吱呀,
还不等唐剑走进会议室,会议室的门就被推开,陈辉从里面走了出来。
唐剑愣