L5战役完结半年后。世界上各种势力及DC残党都在暗中活跃，要从L5战役中恢复过来还需要很长时间。这时，大总统公开了外星人的存在，及它们对人的威胁，但是他们并没有注意到真正敌人的存在……

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《超级机器人大战·原创世纪》的背景是新西历，人类正式开始进出宇宙2世纪，但因为2次大型陨石的坠下，人们的生活还是维持在21世纪aaa。到了新西历179年，第3颗陨石“流星3(メテオ3)”坠落于南太平洋